Chất thải trong nuôi trồng thủy sản chủ yếu có thành phần là bùn bã hữu cơ, phân của động vật thủy sản, thức ăn thừa, xác của động vật thủy sinh và thủy sản. Việc giảm thiểu chất thải trong nuôi trồng thủy sản là một vấn đề rất quan trọng trong quá trình phát triển các sản phẩm thuỷ sản an toàn. Hiện nay, giải pháp tối ưu cho vấn đề này là sử dụng chế phẩm sinh học.

Có hai loại chế phẩm sinh học thường được dùng trong nuôi trồng thủy sản: chế phẩm trực tiếp xử lý môi trường và chế phẩm dùng trong thức ăn thuỷ sản.

Chế phẩm trực tiếp xử lý môi trường: Là loại chế phẩm được đưa vào môi trường nuôi để xử lý nước. Thành phần chủ yếu là các vi khuẩn nhóm bacillus:Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Bacillus mensentericus,, Streptococus facium, Nitrosomonas, Nitrobacter. Hiệu quả mạnh trong việc giảm khí độc NH3 và NO2. Giúp làm sạch môi trường nước ao nuôi, phân hủy chất hữu cơ, phân, thực vật chết lắng dưới đáy ao, kích thích gây lại màu tảo và thức ăn tự nhiên, khống chế vi khuẩn gây bệnh, khử và loại trừ khí độc trong ao, tránh hiện tượng nổi đầu vào buổi sáng, tạo sinh thái cân bằng, giúp cá khỏe mạnh, lớn nhanh. Chế phẩm sinh học có thể dùng sau khi dùng thuốc khử trùng, dùng định kỳ. Phương pháp sử dụng thường là hòa loãng chế phẩm vào nước sạch rồi tạt đều khắp ao, không dùng thuốc kháng sinh, hoặc thuốc sát trùng trong vòng 48 giờ, nếu trời lạnh nên hòa chế phẩm vào nước ấm .

Chế phẩm dùng trong thức ăn thuỷ sản: Thành phần là các enzyme tiêu hóa : Xylanase, Protease , α-Amylase. Các loại enzyme, hoạt động mạnh và hiệu quả, làm tăng các chất dinh dưỡng có hiệu quả, thúc đẩy sự sinh trưởng và phát triển của vật nuôi. Chế phẩm này cung cấp các emzyme cần thiết cho tăng cường hoạt động của gan, kích thích trao đổi chất, giúp tôm, cá và các loại thuỷ sản tiêu hóa tốt, giảm tiêu tốn thức ăn, loại bỏ các tác động của nhân tố kháng dinh dưỡng, giảm hệ số biến đổi thức ăn đồng thời rút ngắn thời gian nuôi, nhờ vậy nâng cao hiệu quả kinh tế. Cách dùng là trộn chế phẩm vào thức ăn và nên dùng kết hợp với các áo bao bọc thức ăn để giảm thất thoát men tiêu hoá.

Tóm lại, dùng chế phẩm sinh học trong nuôi trồng thủy sản giúp giải quyết vấn đề chất thải hữu cơ trong nuôi trồng thủy sản, tăng vi khuẩn có lợi trong môi trường nuôi, giảm khí độc , giảm tiêu tốn thức ăn, rút ngắn thời gian nuôi, thúc đẩy tốc độ sinh trưởng, .v.v.. Chế phẩm sịnh học trong nuôi trồng thủy sản là một giải pháp hiệu quả cho xử lý môi trường trong nuôi trồng thủy sản.