Nước thải phòng khám nha khoa bao gồm nước thải sinh hoạt của cán bộ công nhân viên, bệnh nhân, người nhà bệnh nhân và nước thải của hoạt động khám chữa bệnh, xét nghiệm tại các khoa phòng.

Nước thải sinh hoạt có đặc tính chứa nhiều chất hữu cơ dễ phân hủy sinh học (đại diện bởi thông số BOD5), lượng chất rắn lơ lửng lớn. So với tổng lượng nước thải phòng khám nha khoa, nước thải sinh hoạt chiếm tới 80%.

Đáng chú ý của nước thải phòng khám nha khoa là nước thải của hoạt động khám chữa bệnh và nước thải của phòng xét nghiệm. Đặc điểm của nước thải này là chứa rất nhiều vi sinh vật, nhất là vi sinh vật gây bệnh truyền nhiễm như tụ cầu vàng (82,5%), trực khuẩn mủ xanh (14,62%) E.coli (51,61%), Enterobacter (19,36%),... Đây đều là những vi khuẩn không được phép thải ra ngoài môi trường. Ngoài ra, nước thải này còn chứa nhiều hóa chất độc hại, kháng sinh, các hợp chất halogen dùng trong các phòng thí nghiệm, điều trị bệnh nhân ung thư,… các nguyên tố phóng xạ dùng trong điều trị và phòng chụp X - Quang. Tất cả lượng nước thải độc hại, nguy hiểm này đều xả thải chung vào hệ thống nước thải của phòng khám nha khoa.  Do vậy, nước thảiphòng khám nha khoa nếu không có biện pháp xử lý hữu hiệu sẽ làm gia tăng nguy cơ bùng phát dịch bệnh, ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường và sức khỏe cộng đồng.

Các thành phần chính gây ô nhiễm môi trường do nước thải phòng khám nha khoa gây ra là các chất hữu cơ, các chất dinh dưỡng của nitơ (N), phốt pho (P), các chất rắn lơ lửng và các vi trùng, vi khuẩn gây bệnh. Các chất hữu cơ có trong nước thải làm giảm lượng ôxy hòa tan trong nước, ảnh hưởng tới đời sống của động, thực vật thủy sinh. Song các chất hữu cơ trong nước thải dễ bị phân hủy sinh học, hàm lượng chất hữu cơ phân hủy được xác định gián tiếp thông qua nhu cầu ôxy sinh hóa (BOD) của nước thải. Thông thường, để đánh giá độ nhiễm bẩn chất hữu cơ có trong nước thải, người ta thường lấy trị số BOD. Các chất dinh dưỡng của N, P gây ra hiện tượng phú dưỡng nguồn tiếp nhận dòng thải, ảnh hưởng tới sinh vật sống trong môi trường thủy sinh; các chất rắn lơ lửng gây ra độ đục của nước, tạo sự lắng đọng cặn làm tắc nghẽn cống và đường ống, máng dẫn. Nước thải phòng khám nha khoa rất nguy hiểm vì chúng là nguồn chứa các vi trùng, vi khuẩn gây bệnh, nhất là các bệnh truyền nhiễm như thương hàn, tả, lỵ ... làm ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng.

Ngoài ra nước thải các phòng khám nha khoa còn có một số kim loại nặng với hàm lượng nhỏ như: mangan, đồng, thủy ngân, crôm, ... Các kết quả phân tích các kim loại nặng trong nước thải phòng khám nha khoa thường cho thấy hàm lượng các kim loại này đều nhỏ hơn qui chuẩn cho phép